Por Decreto Supremo del Estado Mayor de Coordinación del 14 de noviembre de 1947 se aprobó un nuevo Reglamento Orgánico y de Funcionamiento y se cambió la denominación por el de Estado Mayor de las Fuerzas Armadas.
La misión del Estado Mayor de las Fuerzas Armadas no tuvo variaciones sustanciales y los conceptos de asesoría y organismo de trabajo del Ministerio de Defensa Nacional, más la labor de coordinación en las funciones primarias del mando hacia las Fuerzas Armadas, se conservaron.

Base Antártica Libertador Bernardo
O'Higgins, 1948.
El 29 de octubre de 1947, por Decreto Nº 2.321, se señalóÂ que las Instituciones y Organismos de la Defensa Nacional dependientes del Ministerio, son: el Ejército, Armada Nacional y la Fuerza Aérea de Chile, el Consejo Superior de Defensa Nacional, Estado Mayor de las Fuerzas Armadas y el Comité Coordinador de Adquisiciones y Enajenaciones de las FF.AA. Se establecía, además, en sus dos primeros artículos, que el Ministro de Defensa Nacional, como representante del Presidente de la República, es el Jefe inmediato de todas las Instituciones y Organismos dependientes del Ministerio.
Por el Decreto Nº 290 de 18 de marzo de 1948, se aprobó el Reglamento de Memorias del Ministerio de Defensa Nacional. El Estado Mayor de las Fuerzas Armadas asumía la función de organismo ministerial cuya misión era refundir en un solo texto las memorias parciales de los diferentes componentes del Ministerio en las áreas pública, secreta y administrativa.
Por la importancia que tiene el Territorio Antártico Chileno en sus áreas científica, económica y militar, se creó la "Sección Antártica" en el Estado Mayor de las Fuerzas Armadas. Se promulgó por Decreto Nº 1168 de 15 de octubre de 1948, donde se le encargó centralizar y dirigir en forma coordinada todos los estudios militares que tengan relación con el Territorio Antártico Chileno.
En el año 1954, se dispuso la organización de un Comité interno que estudiara y propusiera las modificaciones pertinentes al Reglamento vigente. Dicho comité finalizó su trabajo en octubre y el nuevo Reglamento Orgánico y de Funcionamiento del Estado Mayor de las Fuerzas Armadas, fué aprobado por Decreto Supremo Nº 51 de 29 de noviembre de ese mismo año.
Además de las modificaciones orgánicas, se efectuaron otras que aclaraban vacíos en la letra de reglamentos anteriores. En este sentido se establecía que, si bien por su carácter de asesor no tiene atribuciones de mando sí podrá dirigirse directamente a los Comandantes en Jefe, a los Estados Mayores y a los organismos dependientes de cualquier Secretaría de Estado, con el objetivo de solicitar informes, antecedentes o datos que puedan servir de base para el estudio y elaboración de los trabajos propios del Instituto.
Dentro de las nuevas funciones, se asignaron tareas en el área de planificación estratégica conjunta de las Fuerzas Armadas;Â planes logísticos para determinar las necesidades de personal y material de las Fuerzas Armadas;Â planes de instrucción conjunta, de Defensa Interior y elaboración de reglamentación conjunta; representación ante la Junta Interamericana de Defensa, Antártica chilena y otras misiones que reflejaban la labor coordinadora que tenía el Estado Mayor de las Fuerzas Armadas, como la dependencia directa de la Academia de Defensa Nacional.
Arriba. Edificio en calle San
Antonio, 1959 .Abajo. Edificio
en calle Zenteno,1960.
Por otra parte, el Jefe del Estado Mayor de las Fuerzas Armadas pasó a integrar el Consejo Superior de Defensa Nacional con derecho a voz y voto. Se reglamentaba así lo dispuesto por el Decreto con Fuerza de Ley. Nº 297 de 25 de julio de 1953 donde se establecía además, un período de dos años en el cargo, que sería rotativo entre las instituciones.
Al Subjefe del Estado Mayor de las Fuerzas Armadas no se le fijaba un tiempo de permanencia, sólo se establecía que debería ser de una Institución diferente a la del JE.M.FF.AA. y con la categoría de Oficial General.
La mayoría de los Oficiales en la planta del organismo, debían ser especialistas de Estado Mayor o con las condiciones técnicas que el cargo requiriera, pudiendo pertenecer a cualquier Institución. La planta de Oficiales, debía anualmente solicitarla el JE.M.FF.AA. a las Instituciones a través del Ministro de Defensa Nacional.
El 15 de septiembre de 1957 el Presidente de la República, don Carlos Ibáñez del Campo, promulgó el Decreto Nº 37, en que establecía la constitución de las Fuerzas Armadas, misiones comunes, empleo conjunto y funciones específicas.
Culminaba así un trabajo realizado por los Comandantes en Jefe de las Instituciones Armadas, Estado Mayor de las Fuerzas Armadas y Ministro de Defensa Nacional.